负责中心机构编制和人事管理，干部奖惩、培训、考核、档案、工资福利等人事工作，负责党的建设、党风廉政、意识形态、群团组织建设、文明创建及突发公共卫生事件应急处置，统计上报计划生育、妇女工作等工作。分管人事科（科研教育科）、应急管理办公室（业务管理科）、传染病预防防制科、慢病防制科、环境卫生监测与地方病寄生虫病防制科、艾滋病与性病防制科、预防医学研究室。

负责中心财务管理工作，负责各项财务标准制度的执行、监督工作；负责物资采购、验收和管理工作。分管财务科、健康教育科、设备与物资管理科（生物制品管理办）、检验科、质量管理科、放射与职业健康科。

负责中心日常工作的综合协调和管理服务工作，负责文电、会务、档案、信访、值班、车辆管理、网络技术服务等协调管理工作。分管办公室（网络信息科）、免疫规划科、结核病防制科、消毒和病媒生物防制科、食品与营养科、学校卫生科、农村与社区公共卫生指导科。